1、隐蔽性
木马必须隐蔵在目标服务器中，并想尽一切办法不让用户发现。一般的局域网通信软件在运行的时候，客户端与服务器端连接成功之后，客户端机上会出现很醒目的提示标志。而木马在服务端在运行时会应用各种手段隐蔵自己，绝不可能还出现什么提示，以便服务器在下一次启动后仍能载入该密码程序，木马并不是自己生成一个启动程序，而是依附在其他的程序之中。
木马的隐蔽性主要体现在两个方面：一是不产生图标；二是木马程序会自动在任务管理器中隐藏，并以【系统服务】的方式欺骗服务器操作系统。
2、自动运行性
当服务器系统启动时，木马也会自动运行，所以木马必须潜入服务器的启动配置文件中，如启动组和系统进程中。
3、欺骗性
木马程序要达到其隐蔽的目的，就必须借助系统中已有的文件，防止被用户发现。木马一般都是用常见的文件名或扩展名，或者仿制一些不易被人区别的文件名，甚至干脆借用系统文件中已有的文件名，只不过它保存在不同的路径之中。还有的木马程序会将自己设置成一个EP文件格式图标，当用户一不小心打开它的时候就会马上运行。
4、自动恢复
现在很多木马的功能模块已不再是由单一的文件组成，而是具有多重备份，可以相互恢复的文件。
5、自动打开端口
木马程序潜入服务器中的主要目的不是为了破坏用户的系统，而是为了获取用户系统中有用的信息。在用户上网与远端客户进行通信时木马程序就会用服务器/客户端的通信手段把信息告诉幕后的攻击者，以便攻击者能控制该服务器或者实现更进一步的入侵企图。
6、功能特殊性
通常木马的功能都有特殊性，除了普通的文件操作以外，还有一些木马具有搜索 Cache中的口令、设置口令、扫描目标服务器的IP地址、进行键盘记录、远程注册表的操作以及锁定鼠标等功能，这跟前面所讲的远程控制软件是不同的，毕竟远程控制软件是用来控制远程机器，方便自己的操作和管理，而不是用来攻击对方的机器。
